BLASTx如何运算

我们用 BLASTx 将手中的核酸序列到蛋白质数据库中进行比对。目的是想知道在氨基酸水平上我们的核酸序列和已发现的蛋白质有没有相似性。但是还有一个问题就是我们的核酸序列可能还找不到 ORF ，所以 BLASTx 就把所有的可能性都试一遍，也就将目的核苷酸序列翻译成六种 ( 目的序列的正负链各三种可能的读码框架 ) 氨基酸序列，这样我们就得到了六条氨基酸序列，然后再和数据库作比较。 有个序列 TCAATCGATCGATCG ，其翻译 从左到右 1. TCAATCGATCGATCG 2. CATCGATCGATCG 3. ACGATCGATCG 从右到左 4. GCTAGCTAGCTAACT 5. CTAGCTAGCTAACT 6. TAGCTAGCTAACT 因为密码子是三个，就是说三个碱基编码一个氨基酸，和原始序列相比（原始序列是参照）有三种情况 : 不减碱基； 减去一个碱基； 减去两个碱基； 当减去三个碱基时，结果和不减碱基基本一样 ( 就差第一个氨基酸 ) 类推…………。