生物化学

windows下构建基于web的Blast服务

2025-05-06 生物化学加入收藏

本篇文章主要介绍windows如何使用PHP建立PHP服务。首先讨论一下设计思路web界面，可以参考NCBI，使用Javascript增加对用户输入的校验，然后

本篇文章主要介绍windows如何使用PHP建立PHP服务。

首先讨论一下设计思路

web界面，可以参考NCBI，
使用Javascript增加对用户输入的校验，
然后将用户输入传给PHP脚本，PHP脚本检验用户输入，
并将这些输入拼成执行Blast的命令，
然后传给后台执行命令，
拦截Blast程序的输出，判断是否执行成功，
将结果返回给用户。

代码示例（很早以前写的，供参考） <?php#准备输入文件$seq_type=$_POST['seqType'];$file_name=mt_rand();$uploadfile="../temp/" . $file_name . ".fa";$out_file="../temp/" . $file_name . ".out";if($seq_type=="file"){ move_uploaded_file($_FILES['seqFile']['tmp_name'], $uploadfile); $upload_state=$_FILES['upfile']['error'];}elseif($seq_type=="text"){ $seq_text=trim($_POST['seqText']); if(!empty($seq_text)){ $handle=fopen($uploadfile,'w'); fwrite($handle,$seq_text); fclose($handle); $upload_state=0; }}else{ $url="gene_blast.php"; echo "<script language=\"javascript\">"; echo "location.href=\"$url\";"; echo "alert(\"系统错误，请返回重新操作！ \");"; echo "</script>"; exit;}if ($upload_state==0){ #得到其他参数 $seq_start=trim($_POST['from']); $seq_end=trim($_POST['to']); $db_sta=trim($_POST['database']); if($db_sta==1){ $db="..\\db\\insect_rrna.fasta"; }elseif($db_sta==0){ $db="..\\db\\insect_mt.fasta"; } $program=trim($_POST['blast_type']); $e_vale=trim($_POST['EXPECT']); $description=trim($_POST['DESCRIPTIONS']); $alignments=trim($_POST['ALIGNMENTS']); $in_file="..\\temp\\" . $file_name . ".fa"; $out_file="..\\temp\\" . $file_name . ".out"; $blast="..\\cgi_bin\\bin\\blastall -p $program" . " -e $e_vale " . "-v $description " . "-b $alignments " . "-d $db " . "-i $in_file " . "-o $out_file"; #执行系统命令 system("$blast",$sys_state); #echo $sys_state; if ($sys_state==0) { #echo $blast; $url="../temp/" . $file_name . ".out"; echo "<script language=\"javascript\">"; echo "location.href=\"$url\";"; #echo "alert(\"程序出现错误，请重新开始! \");"; echo "</script>"; }else{ $url="gene_blast.php"; echo "<script language=\"javascript\">"; echo "location.href=\"$url\";"; echo "alert(\"程序出现错误，请重新开始! \");"; echo "</script>"; } if(file_exists($out_file)){ #unlink($out_file); }} else { $url="gene_blast.php"; echo "<script language=\"javascript\">"; echo "location.href=\"$url\";"; echo "alert(\"输入序列有问题，请重新输入! \");"; echo "</script>";}?> 问题讨论 1、时间溢出的问题

执行Blast可能需要执行很长的时间，所以调整PHP最大相应时间的参数。

2、如何传入用户比对的序列

用户可以输入，或者上传序列，这里也需要根据需要调整最大上传文件的大小，无论上从文件上传还是从输入框输入，最后都将序列内容写入统一的临时文件中，将这个临时文件传给Blast。

3、是否需要检查参数的有效性

比如核酸序列是否正确，输入的数值是否合法等等，这里的建议就是统统交给blast程序，如果出错，将错误截取，返回给用户就可以了。

4、安全性

因为命令要传给后台执行，所以对于用户输入的内容要做过滤，有关这方面得信息请参考PHP调用系统命令函数的使用说明。

5、输出结果的样式

可以通过设置Blast的参数来控制，比如输出为html格式的，详细参看作者的另一篇文章：

Blast本地化：使用Blastall进行数据库比对

如果你想对blast结果做分析，比如画图，构建物种分类树等，可以对结果详细描述的文章：

Blast结果的详细解析